Analiza ChIP-Seq
ChIP-seq to metoda analizy interakcji kompleksów białko-DNA. Metodę tą wykorzystuje się w profilowaniu modyfikacji histonowych, czynników transkrypcyjnych i innych białek związanych z DNA. Analiza ChIP-Seq wykorzystuje immunoprecypitację chromatyny (ChIP) oraz wysokoprzepustowe sekwencjonowanie nowej generacji (NGS).
Eksperyment ChIP-seq składa się z etapu identyfikacji wzbogaconych rejonów DNA (miejsca wiązania białka), sekwencjonowaniu wybranych fragmentów na maszynie NGS oraz analizie bioinformatycznej. Celem analizy bioinformatycznej jest detekcja pików wystających poza 'tło' odczytów w danym rejonie w genomie oraz określenie ich istotności względem zaprojektowanego eksperymentu. Detekcja pików zachodzi zawsze między próbką kontrolną (zwaną 'inputem') a próbką badaną. Dzięki analizie ChIP-Seq możemy określić, które geny uległy zmianie w skutek warunków zastosowanych w eksperymencie. Efekt widoczny jest w całym genomie badanego organizmu. Metoda ta jest szeroko stosowana w wielu dziedzinach biologii i medycyny.
W Bioidea oferujemy wysokiej jakości, kompleksową analizę bioinformatyczną projektów ChIP-Seq, począwszy od projektowania eksperymentu, po pełne raporty gotowe do publikacji naukowych. Analiza składa się z kilku etapów: analizy jakości, mapowania odczytów do sekwencji referencyjnej, identyfikacji pików, identyfikacji motywów sekwencji, adnotacji pików oraz analizy funkcjonalnej genów powiązanych z pikami. Dodatkowo, oferujemy Państwu możliwość połączenia wyników eksperymentu ChIP-seq z wynikami innych badań np. RNA-seq.
Po więcej informacji na temat analizy bioinformatycznej CHIP-Seq zapraszamy do kontaktu: https://bioidea.com.pl/pl/kontakt