Blog Najnowsze artykuły dla kategorii NGS

Probiotyki, czy na pewno pożyteczne?

Jednym z niepożądanych działań antybiotyków jest niszczenie naturalnej, dobroczynnej flory bakteryjnej organizmu. Szczególnie zagrożona jest flora kolonizująca jelita, zaś jej zaburzenia mogą objawiać się między innymi wzdęciami, bólami brzucha, wymiotami lub tak zwaną biegunką poantybiotykową, występującą aż u średnio 20% pacjentów w trakcie czy też po antybiotykoterapii. Aby zniwelować niepożądane objawy, stosuje się mieszanki bakterii zwane probiotykami.

Przyszłość sekwencjonowania DNA

Sekwencjonowanie fragmentów DNA rozpoczęło się w roku 1977, kiedy po raz pierwszy pojawiła się publikacja opisująca nową metodę określania sekwencji nukleotydowych w DNA. Autorem innowacyjnej metody był Frederick Sanger, który do dnia dzisiejszego określany jest mianem niemal ojca sekwencjonowania a jego metoda - złotym standardem. Wspomniana publikacja uzyskała ponad 70 tysięcy cytowań, a opisana w niej metoda jest szeroko stosowana na całym świecie. Wraz z pojawieniem się metody sekwencjonowania Sangera pojawiły się pomysły na nowe technologie, które w dzisiejszych czasach pełnią dużą rolę na rynku sekwencjonowania DNA. W niniejszym artykule skupiliśmy się na pokazaniu poruszonych w artykule Nature aspektów i możliwości wykorzystania sekwencjonowania DNA i ich konsekwencjach w różnych dziedzinach naukowych i społecznych.

Analiza metagenomiczna w Bioidea - pakiet BioMeta16S

Analiza 16S jest szeroko stosowana w identyfikacji mikroorganizmów – bakterii, archeonów - oraz poszukiwaniu powiązań filogenetycznych między nimi. Polega na amplifikacji i sekwencjonowaniu genu 16S, charakteryzującego się wysokim polimorfizmem pomiędzy różnymi gatunkami tych mikroorganizmów. Gen 16S podzielony jest na kilka rejonów: V1 do V9, których amplifikacja zachodzi dzięki uniwersalnym starterom. Amplifikacja dwóch rejonów 16S (np. V3V4) jest wystarczająca do identyfikacji większości bakterii, jednak im dłuższy fragment jest amplifikowany tym łatwiej jest rozróżnić mikroorganizmy o wysokim stopniu podobieństwa. Ma to duże znaczenie zwłaszcza na etapie identyfikacji bakterii do poziomu taksonomicznego gatunku.

Nowe możliwości w badaniach prenatalnych

Naukowcy z NIH (National Institute of Health) przebadali wszystkie 24 chromosomy człowieka i zidentyfikowali dodatkowe tzw. Rzadkie Autosomalne Trisomie (RAT). W badaniu wzięła udział grupa składająca się z 90 000 próbek osocza krwi matek: 72 000 z USA i 18 000 z Australii. Wyniki opublikowane zostały w czasopiśmie Science Translational Medicine.