Projektowanie starterów

Projektowanie starterów to pierwszy etap wielu eksperymentów genetycznych i biologicznych. Startery to krótkie sekwencje oligonukleotydowe wiążące się z sekwencją genomową w warunkach reakcji PCR. Dobrze zaprojektowane pozwalają na identyfikację mutacji genetycznych czy fragmentów genomowych. Matrycą, a więc sekwencją ulegającą identyfikacji, może być dowolny organizm, którego sekwencja referencyjna jest znana i opisana w bazach danych. Startery wykorzystuje się popularnie w diagnostyce genetycznej człowieka, ale równie często wykorzystywane są do identyfikacji różnic między gatunkami różnych organizmów.

Projektowanie starterów to niełatwa sztuka. Aby uzyskać pożądany produkt w reakcji PCR, startery muszą charakteryzować się pewnymi cechami i przejść szereg weryfikacji. Pierwszą najważniejszą cechą jest specyficzność. Specyficzny starter to taki, który nie wiąże się nigdzie indziej w genomie poza docelową sekwencją. Projektowanie starterów może okazać się problematyczne, gdy napotkamy na sekwencję pseudogenową, charakterystyczną dla wielu genów w ludzkim genomie. Pseudogen to gen którego sekwencja jest identyczna względem jego funkcjonalnej kopii, a więc takiej która koduje białko. Pseudogeny, poza swoją obecnością, nie mają żadnej funkcji, a przynajmniej ich funkcja nie jest do końca poznana. Niektóre geny mogą mieć od kilku do kilkunastu pseudogenów. Pseudogeny namnażane w reakcji PCR zaburzają jej wynik.

Startery muszą również posiadać odpowiednią temperaturę topnienia - najlepiej 60ºC, oraz długość 17-28 pz. Nie mogą również mieć powinowactwa względem siebie i tworzyć tzw. primer-dimer. Tą wadę jednak można łatwo wyeliminować, testując różne warunki reakcji PCR. Na koniec startery nie powinny zawierać w swojej sekwencji popularnych wariantów genetycznych (SNP). Obecność takich wariantów może uniemożliwić przyłączenie się startera do DNA pacjenta, a tym samym nie dać pożądanego produktu.

Przejście wszystkich wyżej opisanych etapów daje gwarancję dobrze zaprojektowanych starterów. W naszej ofercie znajdziecie Państwo usługę projektowania starterów do reakcji PCR i multipleks PCR. Zapraszamy również do skorzystania z usługi projektowania starterów zdegenerowanych (uniwersalnych).

Po więcej informacji zapraszamy do kontaktu: https://bioidea.com.pl/pl/kontakt