Mapowanie do sekwencji referencyjnej

Mapowanie to technika umożliwiająca przypisanie odczytów do sekwencji genomu referencyjnego. Sekwencją referencyjną może być genom człowieka hg18/hg19/hg38 lub genom innego organizmu (bakterii, grzybów, wirusów itp.). Sekwencje mogą zostać pobrane z bazy UCSC lub RefSeq (NCBI).

Oferujemy Państwu usługę mapowania odczytów z plików FASTQ sekwencjonowania nowej generacji do wybranej sekwencji referencyjnej genomu, na podstawie algorytmu Burrowsa-Wheelera. Wynik przedstawiony zostanie w postaci raportu uwzględniającego:

  • analizę jakości przyrównanych odczytów;
  • sumaryczną ilość przyrównanych odczytów;
  • średnie pokrycie odczytów na cały eksperyment, fragment DNA oraz pojedyncze nukleotydy;
  • procentowe progi pokrycia nukleotydów;
  • listę niepokrytych fragmentów;
  • i inne.

Służymy pomocą również podczas poszukiwania odpowiedniej sekwencji referencyjnej w biologicznych bazach danych.