Bioinformatyczne bazy danych

Ze względu na rozmiary jak i strukturę danych uzyskanych z biologicznych oraz medycznych eksperymentów, przyjęło się upublicznianie wyników w postaci baz danych dostępnych online. Co roku w internecie pojawiają się nowe bioinformatyczne bazy danych zawierające wyniki badań naukowych, większość baz jest też systematycznie uzupełniana i porządkowana.

Obecnie największym z tego typu zasobów jest baza NCBI (National Center for Biotechnology Information) zawierająca bazy sekwencji nukleotydowych, aminokwasowych, adnotacji genów, surowych wyników sekwencjonowania oraz wiele innych. Baza jest utrzymywana i rozwijana od dekad przez organy podległe Narodowemu Instytutowi Zdrowia Stanów Zjednoczonych.

Kolejną istotną bioinformatyczną bazą danych jest UCSC (skrót pochodzi od nazwy uczelni – University of California, Santa Cruz), w której systematycznie uaktualniane są sekwencje genomowe wszystkich organizmów - w tym genom człowieka oznaczany jako hg18/hg19/hg38. Baza ta zawiera wiodące informacje na temat referencyjnej sekwencji genomu ludzkiego oraz innych spokrewnionych organizmów.

Istnieje także cały szereg często mniejszych, ale wysoce wyspecjalizowanych baz, takich jak:

  • HGMD oraz PGMD, w których wykryte warianty genetyczne korelowane są z jednostkami chorobowymi oraz dodatkowymi informacjami na temat dostępnych farmakoterapii.
  • GreenGenes oraz SILVA – szeroko stosowane w dziedzinie nauk mikrobiologicznych uwzględniających analizy bioinformatyczne bakterii (metagenomika 16S), zawierają m.in. zestawy sekwencji przypisanych do każdego poziomu taksonomii jak również informację o pochodzeniu filogenetycznym organizmów i powiązań pokrewieństwa między nimi.
  • W dziedzinie nauk chemicznych wyróżnić można bazy EMBL zawierającą sekwencje nukleotydowe, PDB zawierającą sekwencje aminokwasowe i struktury białek, czy też KEGG uwzględniającą szlaki metaboliczne.
  • I wiele innych.

W Bioidea oferujemy Państwu:

  • Analizy bioinformatyczne oparte wybranych bazach danych biologicznych, medycznych lub chemicznych;
  • Wyszukiwanie korelacji pomiędzy wynikami uzyskanymi w drodze sekwencjonowania a danymi dostępnymi publicznie;
  • Wzbogacanie wyników Państwa badań lub eksperymentów o dane z bioinformatycznych baz danych;
  • Pomoc w doborze bazy odpowiedniej dla wskazanych eksperymentów lub badań;
  • Tworzenie i udostępnianie baz danych, z mechanizmami kontroli dostępu lub bez;