Analiza genomów de novo

Analiza genomów de novo polega na odczytaniu sekwencji genomu badanego organizmu bez konieczności przyrównania do znanej referencji. Opiera się na składaniu odczytów - pozyskanych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS) - z wykorzystaniem algorytmów bioinformatycznych, które poprzez nakładanie analizowanych sekwencji nukleotydowych, odtwarzają całą informację genetyczną w genomie. Analiza genomów de novo rozpoczyna się od składania odczytów w sekwencje kontigów (ang. contigs), które następnie składane są w dłuższe sekwencje skafoldów (ang. scaffolds), które w ostatnim etapie składane są w cały genom.

Analiza ta jest szeroko stosowana dla małych genomów bakteryjnych, grzybiczych czy wirusowych, szczególnie gdy badany organizm jest nieznany lub poszukiwany jest np. nowy szczep.

W naszej ofercie znajdziecie Państwo usługę składania odczytów de novo z wykorzystaniem dostępnych algorytmów bioinformatycznych. Wynik przedstawiony zostanie w postaci raportu uwzględniającego statystyki poszczególnych etapów analizy.