Jednym z niepożądanych działań antybiotyków jest niszczenie naturalnej, dobroczynnej flory bakteryjnej organizmu. Szczególnie zagrożona jest flora kolonizująca jelita, zaś jej zaburzenia mogą objawiać się między innymi wzdęciami, bólami brzucha, wymiotami lub tak zwaną biegunką poantybiotykową, występującą aż u średnio 20% pacjentów w trakcie czy też po antybiotykoterapii. Aby zniwelować niepożądane objawy, stosuje się mieszanki bakterii zwane probiotykami.
Analiza 16S jest szeroko stosowana w identyfikacji mikroorganizmów – bakterii, archeonów - oraz poszukiwaniu powiązań filogenetycznych między nimi. Polega na amplifikacji i sekwencjonowaniu genu 16S, charakteryzującego się wysokim polimorfizmem pomiędzy różnymi gatunkami tych mikroorganizmów. Gen 16S podzielony jest na kilka rejonów: V1 do V9, których amplifikacja zachodzi dzięki uniwersalnym starterom. Amplifikacja dwóch rejonów 16S (np. V3V4) jest wystarczająca do identyfikacji większości bakterii, jednak im dłuższy fragment jest amplifikowany tym łatwiej jest rozróżnić mikroorganizmy o wysokim stopniu podobieństwa. Ma to duże znaczenie zwłaszcza na etapie identyfikacji bakterii do poziomu taksonomicznego gatunku.